Clima
El clima ejerce una indiscutible influencia sobre el desenvolvimiento de la vida animal y vegetal. Al igual que en el resto del país, este municipio posee un clima catalogado como húmedo de sabana, según la clasificación de Copen, en lo que influyen varios factores como la configuración alargada y estrecha de la isla,la situación y orientación geográfica, entre otras causas, que determinan el comportamiento de factores climáticos tales como las precipitaciones, humedad, temperaturas, masas de aire y vientos todos en estrecha relación entre sí.
Las temperaturas en general son elevadas durante el año en la localidad, sin presentar grandes variaciones térmicas entre el invierno y el verano. Los vientos predominantes, en el orden de influencia, son los del noreste, con velocidades promedio del orden de los 3,3 a 5,3 metros por segundo.
Relieve
El relieve local es predominantemente llano, pues cuenta con el 97% de llanuras en las que sólo aparecen ligeras ondulaciones, sobre todo en la parte occidental. Pequeñas alturas constituidas por rocas sedimentarias de tipo calizo en medio de una extensa llanura y cercano a la costa en su extremo este, se localiza la loma de Santa María.
La loma de Cunagua o Sierra de Judas de la Cunagua, es el accidente geográfico más relevante con su punto culminante a los 338 metros de altura sobre el nivel del mar. Con una extensión superficial de 24 kilómetros cuadrados, aparece cubierta por rocas calizas del neógeno, aflorando en algunos lugares margas de la misma edad.
Orientada en dirección Suroeste a Noroeste, tiene forma ovalada, presentando manifestaciones cársicas como el diente de perro, microcasimbas, microgrutas, y surcos cársicos, entre otras.
Hidrología
La localidad no cuenta con una red de drenaje superficial importante a causa, entre otros factores, de la existencia de extensas llanuras con escasa pendiente, que no facilita el escurrimiento del agua.
La permeabilidad de los suelos y el basamento subyacente, hacen que el agua se infiltre en su mayor parte y no llegue a escurrir superficialmente, sobre todo en la zona de los suelos rojos. No ocurre así en la amplia zona cenagosa del norte y occidente, donde los suelos permanecen inundados aun después de las lluvias y solo logra un escaso escurrimiento a través de los muchos esteros que desembocan en el mar a lo largo de toda la costa.
De la misma forma sucede en la zona de los suelos de Manga Larga, donde existen generalmente suelos pesados como los vertisuelos, con pobre drenaje, lo que provoca exceso de humedad en el período lluvioso.
Dentro de la hidrografía local se destaca la Cañada de la Yana, corriente larga y de escaso caudal que se derrama y envía multitud de esteros al norte hacia la costa y al oeste hacia la boca de la Yana y Laguna de Morón. Esta cañada permite la evacuación de una parte de las aguas pluviales de la comarca que en ocasiones provoca daños considerables a las plantaciones agrícolas.
Si bien la localidad cuenta con una red hidrográfica superficial pobre, no ocurre así con las aguas subterráneas, en cuya cuenca, y durante el período lluvioso, en algunos lugares el agua brota espontáneamente en la superficie, como se verifica en los límites con Primero de Enero.
Precipitaciones
La distribución anual de las lluvias permite identificar dos estaciones: la de seca y la de lluvias, la primera de ellas, se extiende de noviembre a abril inclusive, lo que no debe interpretarse como una ausencia total de precipitaciones, sino que ocurre una notable disminución con relación a la estación lluviosa.
En esa época se presentan precipitaciones promedio en el rango de los 200 a 300 milímetros. La estación lluviosa comprende los meses de mayo a octubre, reportándose precipitaciones promedio anuales del orden de los 1000 a 1200 milímetros. En ocasiones, en el área que ocupa la Sierra de Judas o de Cunagua, ocurren mayores precipitaciones, relacionadas con el relieve, lo que es dado en llamarse como lluvias orográficas.
Costas
El límite septentrional de la localidad lo conforma una línea de costas formada por suelos cenagosos de mal drenaje y se extiende de norte a sur con extensiones variables que van desde uno a 10 Km de ancho, logrando su mayor amplitud al internarse en la zona de Cayo Largo.
Debido al escaso fondo, no aparecen puertos, pues ello impide la entrada de naves de cierto calado. No obstante a ello, durante el período colonial las costas jugaron un papel de importancia en la práctica del comercio pues en aquellos ya lejanos tiempos, se habilitaron varios embarcaderos, diseminados en diferentes puntos costeros, destacándose el de Sabana la Mar el cual,... solo permitía el paso de una canoa a media carga dentro de la laguna en que se encontraba, por tener una profundidad de un pie en la estación media.
También el de Santa Gertrudis, que era un embarcadero de cuarta clase al fondo de una ensenada de contorno cenagoso.
Flora
En la comarca, las formaciones boscosas se localizan al norte, correspondiéndose, de este a oeste, con bosques semicaducifolios calcícolas y bosques semideciduos sobre suelos de mal drenaje muy antropizados.
Los primeros, que se ubican en la Sierra de Judas y en la Loma de Santa María y en los cayos adyacentes, abundan especies tales como la yaya, jocuma, aguedita, jagüey, jiquí, almácigo, orquídeas, y curujeyes, entre otras.
En los bosques semideciduos sobre suelos de mal drenaje se encuentran, en un monte cerrado, diversas especies entre las que sobresalen el júcaro, jagua, sabicú, e hicaquillo, mientras en la parte sublitoral habitan robles, guano cana, granadillo, roñoso y el guano prieto.
En la faja costera aparecen los cuatro tipos de mangles: colorado, prieto, patabán y yana. Los bosques locales albergan un grupo de especies que necesitan de un manejo adecuado para su protección porque sus poblaciones han disminuido considerablemente. Ejemplo de ello son, entre otros, los casos del jiquí, guayacán, ácana, vera, y el quiebra hacha. Especial atención merece la Gramínea Opismenus rariflorus, reportada por primera vez en Cuba.
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